Relikwie bł. Andrzeja Boboli w Połocku cieszyły się kultem nie tylko katolików, ale także prawosławnych, co budziło niepokój władz rosyjskich. Wysłano nawet specjalną komisję w 1866 roku, ale oderwana ze sklepienia cegła, która zraniła jednego z urzędników spowodowała, iż inspektorzy dostrzegając w tym interwencję bł. Boboli opuścili szybko Połock i już do niego nie wrócili. Zagrożeniem dla relikwii stało się dopiero przejęcie władzy w Rosji przez bezbożny bolszewizm w 1917 roku.
Pierwsze próby ich zbezczeszczenia podjęto już w 1919, ale zakończyły się niepowodzeniem w wyniku zdecydowanej postawy m.in. ks. abpa Jana Cieplaka i miejscowych katolików. Trzy lata później podjęto kolejną próbę, aby zbadać relikwie i wykazać „obywatelom katolickim, że duchowieństwo utrzymuje ich pod władzą religijnego oszukaństwa.” 23 czerwca 1922 roku kościół otoczyło wojsko. Bolszewicy chcieli udowodnić, że nie jest prawdą, iż zwłoki się nie rozłożyły. Bolszewiccy urzędnicy w asyście żołnierzy otworzyli trumnę i rzucili ciałem bł. Andrzeja o ziemię. Ku zdziwieniu zebranych świętokradców nie rozsypały się, a jeden z nich powiedział nawet „Dziwnem jest, jak dobrze się zachowały”. Tymczasem wobec takiej profanacji w kościele urządzono nabożeństwa ekspiacyjne, a ks. abp Cieplak interweniował u najwyższych władz bolszewickich. Nie odniosło to skutku i 20 lipca 1922 roku do kościoła wkroczyli bolszewicy bijąc i mordując stawiających opór parafian oraz wywożąc relikwie do Moskwy, gdzie wystawiono je w budynku Higienicznej Wystawy Ludowego Komisariatu Zdrowia.
O ich zwrot rozpoczął bezskuteczne starania polski rząd, a wcześniej marszałek Józef Piłsudski planował nawet szarżę na Połock, by odebrać bezbożnikom trumnę z ciałem Błogosławionego.
Szansa na ich odzyskanie pojawiła się jednak jesienią 1922 roku, gdy po pięciu latach bolszewickich rządów Związek Sowiecki ogarnął głód. Umierającym Rosjanom z pomocą pospieszyła m.in. Stolica Apostolska z Piusem XI. W takiej sytuacji Sowieci - wobec zasług Papieskiej Komisji Ratowniczej – przychylnie odpowiedzieli na prośbę Ojca Świętego Piusa XI o wydanie relikwii. Rok później, dwaj przedstawiciele Papieskiej Komisji, jezuici: Edmund Walsh i Leonard Gallagher odebrali od bolszewików relikwie. Sowieci nie wyrazili jednak zgody na przewiezieni ich nie tylko do Polski, ale nawet przez jej terytorium. Ostatecznie relikwie bł. Andrzeja Boboli przez Odessę i Konstantynopol dotarły do Rzymu 1 listopada 1923 roku. Złożono je w bazylice św. Piotra na Watykanie, a w maju 1924 roku Ojciec Święty przekazał ciało jezuickiemu kościołowi del Gesu.
